近(20)日，英國人體生物資料庫(UK Biobank)投資者之一的安進(Amgen)子公司Decode Genetics、冰島雷克雅維克大學(Reykjavik University)及其他研究中心組成的團隊，在知名學術期刊《Nature》上發表了以超過15萬名參與者為基礎的全基因體定序(WGS)，證明大規模蒐集所得的遺傳變異資訊，能夠找出以往未發現的特徵(trait)及疾病關聯。
 
研究團隊表示，透過大規模定序研究，能夠廣泛地增加我們對非編碼基因體(noncoding genome)功能及影響的認識。當這些研究成果和UK Biobank中豐富的表型多樣性資訊結合，就能大幅改善我們對人類基因體變異，以及它們和表型多樣性之間關聯的了解。
 
在最新發表的研究中，參與UK Biobank的冰島、丹麥研究團隊，敘述了有關單核苷酸變異(single nucleotide variants)、微小的插入和刪除(indel)，以及在數據中發現的較大型的結構變異，並指出了UK Biobank中，三大祖先類群及其相關的單倍型特色(haplotype features)。
 
這三大類群，分別為較大的英國愛爾蘭人類群、較小的非洲人類群，以及南亞人類群。研究團隊表示，透過這些單倍型參考組(haplotype reference panel)，能讓我們針對由三個以上定序個體所帶有大多數變異，執行可靠的試算(imputation)。
 
此外，這項研究也帶來了許多收穫，包括：超過5億8500萬個單核苷酸變異，超過5870萬的插入或刪除資訊，約89萬5100個結構變異，以及超過250萬個微衛星(microsatellites)，再加上祖先單倍型，就可以用來研究許多人體的罕見變異。
 
其中也包含了許多疾病，例如：第一型腦偏癱偏頭痛(type 1 hemiplegic migraines)、肌肉強直症(myotonic dystrophy)、癲癇、第二型陣發性不協調(episodic ataxia type 2)、第六型脊髓小腦退化性動作協調障礙(spinocerebellar ataxia type 6)等等。
 
研究團隊表示，這些發現可說是強而有力的新資源，讓他們找出一些具有巨大影響的罕見變異。這些變異關聯在過去的研究方法中並未發現，例如全外顯子體定序或試算。
 
此外，有了這些資料，可讓關聯性分析(association analyses)得以再往前一步，例如在擁有相似祖先背景的個體之間，區分出基因體遺傳多樣性，以及過往難以研究、卻相當重要的缺失區域(depletion region)。
 
根據2021年在美國人類遺傳學會年會(American Society of Human Genetics)參與UK Biobank計畫的Decode及英國惠康桑格研究所(Wellcome Sanger Institute)的發表內容，該計畫已經定序了15萬119人的WGS深度定序，平均深度超過30倍。
 
研究團隊也預計在未來幾年內，完成共計50萬名全數參與者的基因體定序。這項工作也獲得了安進、阿斯特捷利康(AZ)、葛蘭素史克(GSK)、嬌生(J&J)及英國政府的支持。
 
參考資料：
https://www.genomeweb.com/sequencing/analysis-150k-uk-biobank-genomes-leads-discovery-new-variants-trait-associations#.YtjwoHZBzD6

(編譯 / 吳培安)