不只雙股結構!澳Garvan研究所再揭人類基因體5萬個「結」狀DNA

撰文記者 彭梓涵
日期2024-09-05
圖片來源:取自https://www.embopress.org/doi/full/10.1038/s44318-024-00210-5。
DNA由雙股螺旋構造組成,已是眾所皆知的常識。8月29日,澳洲Garvan研究所研究團隊繼2018年首次證實,DNA除了螺旋形狀外,還有被稱為i-motif (iMs)的「結」狀DNA結構後,再次發現這種結構DNA,不只在人類基因體中存在超過5萬個,還扮演基因活化調控的關鍵角色,相關研究已發表在《EMBO》期刊。
 
這種「結」狀DNA結構,最早是在2018年由Garvan研究所研究團隊首次發現,有別於標誌性的雙股螺旋結構,它是當DNA鏈上的胞嘧啶(C)彼此配對時,形成雙螺旋突出的四鏈扭曲結構。
 
不過,即便科學界已知生物體中有i-motif的結構存在,但對於人類基因體DNA中,此類結構的豐富度和分佈如何,尚不清楚。
 
Garvan研究團隊進一步利用高親和力的免疫沉澱法,在3株人類細胞株,包括乳癌細胞株MCF7、骨肉瘤細胞株U2OS和胚胎腎細胞株HEK293T中,取得i-motif後進行定序。
 
在透過生物膜干涉技術(biolayer interferometry, BLI)與圓二色光譜技術(Circular Dichroism Spectroscopy, CD)的光學分析方法驗證下,研究人員得到了全基因體中形成i-motif的DNA序列。
 
在這3株人類細胞株中,研究團隊不僅觀察到約53,000個 i-motif並且廣泛分布在人類基因體中,這些DNA還大量出現在細胞週期中的G0/G1期,屬於正調控的基因內。
 
研究人員認為,i-motifs並非隨機分散,且多集中在基因體的關鍵功能區域,包括控制基因活性的區域,甚至在致癌基因,如MYC的啟動子區域上。
 
領導這項研究資深作者、Garvan抗體治療實驗室負責人兼免疫中心主任Daniel Christ教授表示,過去科學界對DNA雙股結構就存有爭議, 對DNA結構來說,有5萬多個i-motif結構,這是一個非常高的數字,我們的實驗不只證明i-motif廣泛存在,也發現i-motif在基因體功能中可能扮演關鍵角色,未來或許可針對i-motif來設計相關藥物或診斷方法。
 
資料來源:
https://www.eurekalert.org/news-releases/1055924
https://www.embopress.org/doi/full/10.1038/s44318-024-00210-5