美國德州大學西南醫學中心(UCSW)研究團隊，去年開發出一款可快速區分新冠病毒變異株的PCR方法「CoVarScan」，近(4)日，在《Clinical Chemistry》進一步發表CoVarScan應用於3,544份樣本的臨床研究，顯示其靈敏度為96%、特異性為99%，且可確實分辨Delta、Mu、Lambda和 Omicron，甚至較難辨認的BA.2等變異株。

該方法只要4小時就能分辨變異株種類，將能使公衛單位快速掌握各個變異株的流行情況、是否正在出現新的變異株，對於一些重症患者，醫師也將能快速地決定治療策略，例如選用適合的單株抗體。

目前的新冠病毒檢測，通常是檢測病毒遺傳物質的片段，或是病毒表面的小分子，並無法提供病毒屬於哪一種變異株的資訊。而為了確認患者感染的是哪一種變異株，科學家通常必須使用既費時又昂貴的全基因體定序(WGS)，來解析病毒完整的RNA序列，這在大多數醫療中心可能需要數天或數週的時間。

為此，UCSW病理學家Jeffrey SoRelle研究團隊，開發了一種多重片段分析方法CoVarScan，其鎖定了新冠病毒基因序列上的8個變異熱點，來檢測RNA序列的小型突變，以及對於會隨著病毒演化而增大和縮小的「重複基因區域」進行長度測量。該方法以PCR來複製和檢測新冠病毒RNA的這8個區域。

為了驗證CoVarScan的效果，研究團隊於2021年4月至2022年2月，在UCSW收集了包括有症狀和無症狀患者，共計4千份的新冠陽性鼻咽拭子樣本，並以全基因體定序結果作為黃金標準。

與全基因體定序相比，CoVarScan具有96%的靈敏度和99%的特異性，並分辨了Delta、Mu、Lambda和Omicron等新冠變異株，還包括一些檢測方式無法辨認的Omicron BA.2。

SoRelle表示，對於檢測變異株的方法，許多評論認為，它需要隨著新出現的變異株而不斷調整。但CoVarScan在過去一年多之中，不需要任何調整仍然表現得很好。未來，當我們真正需要調整它時，也可以很輕易地在檢測中增加20或30個額外熱點。

目前，研究團隊預計繼續開發CoVarScan，並將其商業化，也為CoVarScan申請了專利。

參考資料：https://www.sciencedaily.com/releases/2022/07/220704094232.htm
論文：https: //doi.org/10.1093/clinchem/hvac081

(編譯/劉馨香)