《Nature》AI大規模研究:血液中微生物DNA可望用於癌症檢測

即時撰文記者 吳培安
日期2020-04-13
《Nature》AI大規模研究:血液中微生物DNA可望用於癌症檢測 (圖片來源: 網路)

3月11日,由美國加州大學聖地牙哥分校(UCSD) Gregory D. Poore、Rob Knight等人利用線上癌症基因體圖譜(TCGA)資料庫,執行首次以AI分析血液中微生物DNA/RNA序列,來鑑別癌症的大規模系統性研究。結果顯示,透過檢驗微生物序列可以有效分辨出癌症種類,具有成為癌症液態活檢(liquid biopsy)臨床應用的潛力。

研究團隊分析了TCGA線上資料庫中,共計33種癌症、來自近1萬名患者、超過1.7萬份樣本的資訊,包括來自腫瘤(原發腫瘤、復發腫瘤、轉移腫瘤)、鄰近正常組織和血液中,樣本所含有的DNA和RNA序列,並利用獨立訓練的人工智慧(AI)等運算模組,過濾掉研究團隊所認為的污染序列,並針對大量的序列資料進行標準化(normalize)和分類工作。

研究團隊表示,在經過嚴格過濾程序,去除潛在污染或其他變因後,共計有6.4兆筆序列資料,其中7.2%被歸類為非人類序列;其中將近1/3是細菌、古菌或病毒,12.6%可以鑑定到屬(ge...