康健基因2020生物資訊研討會與工作坊

生物資訊X定序科技 臺灣10年積累邁向基因體新視野

撰文記者 彭梓涵
日期2020-12-25
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(圖/康健基因)
報導/彭梓涵

近日,專注在生物資訊學分析與生物技術開發的康健基因,於公司成立十周年之際,主辦生物資訊研討會和工作坊,邀請中研院李文雄院士、國內生物資訊尖端研究學者,以及英國「牛津奈米孔科技公司」(Oxford Nanopore Technologies)生物資訊產品經理、NVIDIA生資專家,分享如何善用高度擴展性的技術與策略,為基因體研究帶來新的視野。

中研院李文雄院士

研討會首先邀請分子生物學及演化領域極具貢獻的中研院李文雄院士擔任開場講者,並以「人工智慧建構基因調控網路」為題,分享其實驗室開發的預測轉錄因子結合位點(TFBS)的機器學習方法。

他表示,透過此方法與DNA親和純化定序(DAP-seq)技術結合,可以大規模確定TFBS,並可以建構基因調控網絡(A gene regulatory network, GRN)。

Oxford Nanopore Technologies生物資訊產品經理Stephen Rudd

康健基因是Oxford Nanopore Technologies在臺首家認證實驗室,至今已提供實驗及分析服務超過兩年,此次研討會中也特別請到Oxford Nanopore Technologies生物資訊產品經理Stephen Rudd以連線方式,分享奈米孔定序技術的原理、分析及應用。

Stephen Rudd表示,奈米孔定序技術的原理,是偵測DNA或RNA通過穿膜蛋白(transmembrane protein)中的奈米孔洞時,所造成的連續電流變化,藉此解讀序列,不像傳統核酸定序方式需經過序列放大步驟,因此定序速率更快、更精準。

而在此快速、精準的優勢下,可攜式/移動式的奈米孔定序設備,已在包括伊波拉病毒、茲卡病毒等多項傳染病發生地,證明了它們確實可用來作為現場監測工具。

中正大學資訊工程系黃耀廷教授

中正大學資訊工程系黃耀廷教授,則以「基因體組裝和錯誤校正演算法開發」為題演講。他首先表示,長片段定序是從頭定序(de nov...