在臺灣，部分涉及專利產業政策的特別法主要有，「科學技術基本法」、「促進產業升級條例」、「所得稅法」與「產業創新條例」，這些法律的適用物件雖不限於醫藥產業，但對醫藥專利產業化的發展亦有影響力。

需特別介紹的是，臺灣制定有「生技新藥產業發展條例」，是少見的專門針對醫藥專利產業化加以規範之法律，在比較法上相當具有參考價值。

一、臺灣涉及專利產業政策的法令介紹

1. 科學技術基本法

科學技術基本法，為臺灣目前科技政策的根本大法，其第1條規定，「為確立政府推動科學技術發展之基本方針與原則，以提升科學技術水準，持續經濟發展，加強生態保護，增進生活福祉，增強國家競爭力，促進人類社會之永續發展，特制定本法。」

它清楚揭示提升科技水準與促進經濟發展為政府的科技政策方針。其具體的做法主要有下：

(第6條)政府委託大學與民間進行的研究計劃，其所獲得的智慧財產權與成果，得將所獲得的智慧財產權約定歸究研究機構或企業所有。

(第7條)政府每4年制定全盤性的科學技術發展計劃。

(第12與13條)應設置國家科學技術發展基金。

(第15條)對科學研究著有功績人員的獎勵。

(第16條)對科學技術研究人員的研究自由保障。

2. 促進產業升級條例與所得稅法

科技基本法，主要是比較廣泛的政策，至於要如何具體透過專利以鼓勵創新並促進產業經濟發展，在手段上，從過去到現在，臺灣主要是靠租稅減免作為獎勵手段。這部分涉及到兩部法律，一是剛廢止的「促進產業升級條例」，另一是「所得稅法」。

3. 促進產業升級條例

「促進產業升級條例」，對過去臺灣產業發展有重要貢獻，但因有租稅不公的爭議，在2010年被廢止。原「促進產業升級條例」第11條規定，「中華民國國民以自己之創作或發明，依法取得之專利權，提供或出售予中華民國境內公司使用，經目的事業主管機關核准者，其提供該公司使用所得之權利金，或售予該公司使用所得之收入，百分之五十免予計入綜合所得額課稅。」

它是涉及專利產業政策的最主要條文之一，其用意在鼓勵本國發明人將其專利授權給本國國民，以使技術在國內能盡可能地傳遞。

促進產業升級條例固然有租稅不公的爭議，但政府貿然廢除卻沒有妥善之配套措施，於是有學者批評單純取消促進條例租稅減免對國民經濟將產生負面效果，實質GDP與經濟成長率皆較基準預測值下降。

4. 所得稅法

關於利用專利促進產業經濟發展之手段，可再看看臺灣「所得稅法」第4條第1項第21款規定，「下列各種所得，免納所得稅，……營利事業因引進新生產技術或產品，或因改進產品品質，降低生產成本，而使用外國營利事業所有之專利權、商標權及各種特許權利，經政府主管機關專案核准者，其所給付外國事業之權利金；暨經政府主管機關核定之重要生產事業因建廠而支付外國事業之技術報酬。」

根據這個法條規定，經政府核可的產業項目(通常為具有戰略價值之高科技產業)，國內廠商向國外取得技術授權所支付給國外廠商之權利金，免稅。

這項規定的目的在便利國內廠商向國外廠商取得授權，蓋若無此項規定，則依法國內廠商在支付權利金給國外廠商時，需代扣20%的所得稅(withholding tax)，此無異使國外廠商所得減少，且如臺灣與國外廠商所在國無租稅協議的話，將造成該國外廠商雙重納稅之困擾。

5. 產業創新條例

促進產業升級條例被廢除後，取而代之者為產業創新條例：

第1條：(立法目的），「為促進產業創新，改進產業環境，提升產業競爭力，特制定本條例。」

第14條：「各中央目的事業主管機關得輔導企業建立智慧財產保護及管理制度。」

第15條：「為提升智慧財產流通運用效率，各中央目的事業主管機關得建立服務機制，提供下列服務：

• 建立資訊服務系統，提...