第九屆亞洲微生物體趨勢論壇

微生物基因體透視海洋生態 解謎海洋雪花、浮游藻氮源、魚病交互作用

撰文記者 吳培安
日期2025-01-14
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微生物基因體透視海洋生態 解謎海洋雪花、浮游藻氮源、魚病交互作用 (圖/大會提供)
近(11)日,中研院生化所、臺大醫院、圖爾思生技、微生物嘉年華會委員會共同主辦第九屆亞洲微生物體趨勢論壇,在下午的議題3:海洋微生物中,由中研院生多中心湯森林研究員主持,邀請到海洋大學海洋中心林宏運助理研究員、海洋大學海洋環境與生態研究所康利國副教授、中山大學海洋生物科技暨資源學系王亮鈞副教授,分享他們如何利用分子生物學及基因體技術,解開海洋雪花(marine snow)形成、浮游植物利用無機氮源的差異,以及水中病菌如何影響養殖魚類的微生物相、使其生病的機轉。
 

林宏運:解開海洋矽藻分泌多醣、形成「海洋雪花」固碳機制之謎

 
林宏運首先分享,海水中的藻類會在生長過程中,釋放出具有黏性的硫酸化岩藻多醣(fucose-containing sulfated polysaccharides, FCSP),這類物質會自然聚集成透明胞外聚合顆粒物質(TEP),黏附周遭的微生物、有機物質和生物碎屑,最終形成尺寸大於500微米的「海洋雪花」,海洋雪花是將碳帶往海底封存的主要載體。
 
林宏運的研究,則聚焦在海洋固碳中扮演要角的矽藻,如何調節FCSP的調節及合成機制。目前他們已經發現,矽藻的FCSP會在逆境中增加,但不同逆境下形成的海洋雪花形狀不同,而缺磷環境下不僅能夠產生最多的FCSP,還會自然聚集成球體。
 
研究團隊也透過RNA轉錄體研究,初步揭開了矽藻的FCSP合成機制,包含將藻體內儲存的金藻昆布糖(chrysolaminarin)降解成葡萄糖、將其轉換成GDP-岩藻醣、GDP-岩藻醣的聚合反應、多醣的硫酸化修飾等步驟。
 
此外,有鑑於團隊目前用於研究的矽藻,在轉基因操作上需要透過多次的電穿孔才能達成、程序繁雜,因此團隊正在開發跨界接合轉殖法(Transkingdom conjugation),希望能夠利用細菌接合的特性,讓矽藻的轉殖研究更加容易。
 
林宏運解開海洋矽藻分泌多醣、形成「海洋雪花」固碳機制之謎
海洋大學海洋中心林宏運助理研究員。(圖/大會提供)
 

康利國:總體轉錄體深度解謎大、小浮游藻氮源利用差異

 
康利國的研究,是利用總體轉錄體(metatranscriptome)分析海中浮游植物(phytoplankton)與氮相關的基因表現,了解它們如何適應不同的水域環境。浮游植物是海洋環境中的重要基礎生產者,無機氮源的不足是它們主要的限制生長因素。
 
康利國指出,浮游植物的體型變化很大、從0.2微米到200微米都有,體型的差異也影響到它們使用的無機氮源差異。例如,體積小、表面積大的藍綠菌,能夠直接攝取環境中的銨鹽(NH4+)作為氮源,但對體型較大的藻類(例如矽藻)而言,雖然也能使用銨鹽,但是硝酸鹽(NO3-)的吸收速率更好,能夠作為主要氮源。
 
研究團隊也進一步發現,浮游植物也可以透過調節膜上的運輸通道,改變對營養鹽的吸收能力。例如,矽藻的硝酸運輸基因Nrt2,會在周遭硝酸鹽濃度上升、或是缺氮環境中提高表現量,但是銨鹽濃度較高時會降低表現。
 
根據研究團隊在臺灣北部的東海測線採集結果,加上總體轉錄體分析,研究團隊發現2018年海中藻類大量生長、銨鹽和硝酸鹽的最大攝取率都很低,而矽藻優勢種的氮限制相關基因表現比例很低,代表矽藻已經攝取到足夠的氮、停止進一步攝取,因此當年度的海水表面硝酸濃度升高,可能是受到餘氮(residual nitrogen)的影響。
 
但到了2019年,總體轉錄體研究結果卻顯示,矽藻與氮限制相關的基因表現變多了,代表它們主動競爭環境中有限的氮源。
 
康利國利用總體轉錄體深度解謎大、小浮游藻氮源利用差異。
海洋大學海洋環境與生態研究所康利國副教授。(圖/大會提供)
 

王亮鈞:魚生病可能是因為共生菌發生改變!

 
王亮鈞專注於魚類與共生菌、水中環境三者的交互作用。王亮鈞表示,如同人類腸道黏膜上住著許多微生物,魚皮表面的黏液中也有許多微生物,與環境有複雜的交互作用,並影響魚類的健康。
 
王亮鈞的研究聚焦於虎頭鯊(P. hypophthalmus,一種淡水鯰魚)與親水性產氣單胞菌(A. hydrophila,簡稱AH菌)的關聯。AH菌是種經常在臺灣養殖漁業中造成危害的感染源,其來源不明、經常存在於水池中,但不是水中有AH菌魚就一定會生病。
 
王亮鈞研究團隊,透過建立體外無菌魚皮模型,確認水體中的AH菌不會直接造成魚皮發炎,而是影響了魚皮表面的共生菌、魚才生病。他們進一步透過16S核糖體DNA(rDNA)分析得知,當AH影響了魚皮黏液中的弧菌屬(Vibrio sp.),就會引起魚皮發炎。
 
不過,王亮鈞強調,魚黏膜表皮菌相的組成,也會受到水體環境的菌相和宿主本身的黏膜特性影響,不一定都是弧菌屬的影響,不同來源的魚隻身上的組成菌可能也會差異很大。
 
不過,團隊還是發現了一些通則。例如,在魚的共生菌相中,與環境相關的菌種約佔70%、宿主相關的菌種佔24%、其餘是兩者都有;健康的魚大約都是這個佔比,但較不健康的魚,與宿主相關的菌種比例會變高,更加強化了與宿主相關的菌相與魚生病的關聯性。
 
王亮鈞表示,魚生病可能是因為共生菌發生改變!
中山大學海洋生物科技暨資源學系王亮鈞副教授。(圖/大會提供)

(報導 / 吳培安) 
 

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