昨(11)日，台基盟生技首次舉辦用戶高峰會，聚焦基因體定序與大數據分析的精準醫學應用，邀請國衛院分子與基因醫學研究所特聘研究員蔡世峯，及包括北榮、林口長庚醫院醫師，分享其使用次世代基因定序(NGS)或第三代定序，在精準醫學和疾病研究的成果。會中多位講者皆強調「全基因體定序(ＷGS)不僅是為了罕見疾病而做，更是精準醫療的基石」，蔡世峯更提出，期望台灣能在2030年達成WGS納入健保的目標。

台基盟營運長雷志賢致詞表示，很難想像人類基因體定序在2000年時，成本費用需要一億美元，當時很多研究與定序應用是無法以「個人研究計畫」來執行，但隨著定序技術的進步，現在做全基因體定序和全外顯子定序(WES)已變成常態，也因此許多論壇活動，才能邀請到專家學者來分享他們獨到的研究與見解。

台基盟營運長雷志賢 (攝影/巫芝岳)

不過他也強調，現階段基因定序成本雖已所下降，但要添購和長期維護高階的定序儀器，並非所有實驗室都能負擔。台基盟成立以來便以基因體定序和數據驅動為核心，並以三大基因定序平台，提供各種負擔得起的基因體定序與服務，目前台基盟實驗室也取得TAF、CAP、EMQN認證，期待未來能成為台灣基因體與疾病研究的後盾。

蔡世峯：台灣目標2025年完成5萬人WGS 盼2030年WGS納健保

國衛院分子與基因醫學研究所特聘研究員蔡世峯。(攝影/巫芝岳)

蔡世峯表示，國衛院從2017~2020年執行「亞太生醫矽谷精準醫療旗艦計畫」，最早期專注於罕見疾病，隨後持續將基因體研究推進到癌症、慢性病等重大疾病，以及預防醫學。他也透露，國衛院將在今年12月提出第二期的旗艦計畫(Flagship 2.0)。

目前國衛院除了已進行超過700個罕病家庭的基因體研究外，其針對肝癌、慢性腎臟病等，也已有WGS研究成果出爐。

蔡世峯也分享，今年美國人類遺傳學年會(ASHG75)中，特別強調「不同族裔背景的基因與疾病」研究，尤其亞洲人過去在該領域的研究相對歐美較少，因此他相當期待台灣能產出更多代表華人的基因研究。他期望，台灣到2025年能完成五萬名WGS研究，甚至在全球趨勢下，2030年希望WGS能納入健保給付。

蔡世峯也表示，在亞太生醫矽谷精準醫療旗艦計畫下衍生成立台基盟，除了提供基因定序服務，更期望透過與學術界、產業界合作，助力更多對全球有影響力的基因體研究。蔡世峯也提出台基盟未來的「3A」策略——讓定序服務付得起(Affordable)、做得到(Available)，且能被放心使用(Accountable)，希望台基盟不僅是服務病人，也能成為未來產業發展的重要基礎。

牛道明：導入WGS/WES分析系統 不只判讀罕病、更做精準醫療

​​​​​​台北榮總兒童醫學部牛道明部主任。​(攝影/巫芝岳)

台北榮總兒童醫學部牛道明部主任分享全基因體定序與臨床應用，他表示次世代基因定序技術的進步，加上Illumina拋出定序只需要200美元的震撼訊息，顯示基因定序成為常態的日子不遠，只是目前如何快速分析巨量數據並做出臨床判讀，仍有很大的挑戰。

因此，他也帶領北榮團隊與生物資訊公司道品(Daopin)合作，結合基因分析技術、雲端運算、大數據和AI技術，共同開發出即時WGS和WES分析系統。

該系統可提供七種分析功能，包括：遺傳疾病診斷、藥物代謝、主動篩查、體質、帶因者、HLA類型等，使用者只需要10秒即可得到各種訊息。

他也進一步分享，其團隊在利用該系統為許多罕病患者，找到關鍵致病基因，協助判斷可能疾病的案例，他也強調，全基因體定序不只是為了診斷分析罕病，更是預防醫學、精準醫療的基石，待未來定序更普及化，大家就可以更容易挑選出可促進健康與預防疾病的模式。

陳燕彰：NGS檢測遲緩兒 遺傳原因檢出率高2~3倍！

台北榮總遺傳諮詢中心主任陳燕彰。​(攝影/巫芝岳)

台北榮總遺傳諮詢中心主任陳燕彰，則針對「WGS於發展遲緩兒童的運用」進行分享。他表示，兒童發展遲緩的原因相當多樣，但在基因缺陷上的原因，多數尚無法得知。即便目前建議使用染色體晶片分析(array CGH)檢驗染色體異常，能得知原因的遲緩兒仍僅有20%；隨著近年則發現以NGS檢驗，該檢出率可提升至50~60%。

陳燕彰表示，以染色體晶片檢測染色體異常，可測得大於Kb層級變異，以NGS檢測插入/缺失(InDel)突變，可測到小在100bp的變異，而兩者間差距，可以NGS針對基因拷貝數變異(CNV)檢測來彌補。

國外研究也發現，相比於傳統先進行染色體晶片、無效再進行定序等一步步檢測的方式，直接進行基因定序的診斷率可微幅提升，且所花費成本較低。而對於即便進行了NGS，仍有4~5成病因無法得知的患者，或許第三代長讀長的定序(long read sequencing)技術可望解決此問題。

陳燕彰總結，在兒科的遺傳疾病上，目前「以表現型為優先」(phenotype-first)的診斷方式，可能逐漸轉移到「以基因型為優先」(genotype-first)的方式，對醫師而言，也能更專注於找尋更好的療法。

吳國瑞：基因定序解謎腫瘤缺氧轉移機制 揭未知lncRNA

林口長庚特聘講座教授吳國瑞。​(攝影/彭梓涵)

林口長庚特聘講座教授吳國瑞，分享了其團隊如何運用基因定序工具，探究腫瘤在缺氧環境中轉移的機制，並找出缺氧誘導因子-1α (HIF-1α)下游生化途徑中，多項過去未知的作用機制。

吳國瑞團隊針對「DNA 6mA甲基化」(DNA N6-methyladenine)這項較近年才被發現的甲基化標記進行研究。透過生化實驗，他們發現缺氧環境中，6mA甲基化的催化與HIF-1alpha、METTL4等分子相關，且在上泌尿道上皮癌的腫瘤樣本中也發現，6mA甲基化增多與較差預後有關。

他們進一步運用RNA定序研究，並開發出經由抗體純化的步驟，更準確分析相關基因表現的定序實驗方式「6mA ChIP-exo-seq」，也發現與血管新生(angiogenesis)、幹性(stemness)、腫瘤轉移相關的基因也有表現。

運用定序技術，他們也找出會促進基因表現的長鏈非編碼核糖核酸(lncRNA)，及發現「ZMIZ-1」為HIF-1α過去未知的輔助活化因子(co-activator)。

洪舜郁：開發個人化新抗原T細胞療法 彌補免疫療法缺口

林口長庚紀念醫院癌症疫苗暨免疫細胞治療核心實驗室洪舜郁教授。​(攝影/巫芝岳)

林口長庚紀念醫院癌症疫苗暨免疫細胞治療核心實驗室洪舜郁教授，分享利用個人化的新抗原做成T細胞療法，用來治療實體腫瘤。她表示，當今的免疫療法如PD-1、CTLA-4等，在治療特定的血液腫瘤上具有很好成效，但因為免疫調節藥物屬於非特異性的活化免疫系統，活化的T細胞不只會攻擊腫瘤細胞，也會攻擊正常細胞，使得部分病人產生嚴重副作用。

她與團隊也針對此問題，以只在腫瘤上表現的新抗原(Neoantigen)進行研究，並開發出新抗原擴增自體免疫細胞治療技術，患者透過組織切片，再以NGS找出患者個別的腫瘤基因突變，並設計出個人化的T細胞療法。她表示，當今的免疫療法如PD-1、CTLA-4等，在治療特定腫瘤上具有很好成效，但因為免疫調節藥物屬於非特異性的活化免疫系統，活化的T細胞不只會攻擊腫瘤細胞，也會攻擊正常細胞，使得部分病人產生嚴重副作用。

目前在小型的臨床試驗中也發現，以新抗原為基礎的個人化的T細胞療法具有安全與耐受性，此外腫瘤突變負荷量(TMB)低的轉移性實體瘤患者，也觀察出良好的臨床效果。

(報導/巫芝岳、彭梓涵)