2009年從無到有創辦馬偕醫學院，並擔任第一、二任校長，魏耀揮於昨(28日)下午在師生為其舉辦的榮退感恩禮拜中，退休卸下校長一職。但魏耀揮退而不休，將持續專注他一生鑽研的粒線體醫學研究，應彰化基督教醫院郭守仁院長邀請，八月一日起轉任該院新成立的「粒線體醫學與自由基研究院」院長。

28日下午，馬偕醫學院三芝校園國際會議中心內，溫馨的詩歌傳頌飄揚，將於7月31日起屆滿退休的校長魏耀揮，被師生感恩與祝福圍繞。不少高雄、台南學界教授大老、好友颱風前不辭北上遠來，許多他過去的學生而現在位居各大醫院臨床高管，也放下忙碌的工作趕來。

一起見證8年來魏耀揮深耕灌溉的馬偕醫學院，從一片原本荒涼的山坡，如今變成全國醫學院校名校、畢業生國家證照通過率及博士生人數皆名列前茅。

魏耀揮本身是國際知名粒線體醫學科學家，並和日本、韓國學者創立亞洲粒線體醫學暨研究學會(Asian Society for Mitochondrial Research and Medicine, ASMRM)，並被推舉為該學會第一任副會長及第二任會長。

他探討各種已知藥物或毒素對粒線體呼吸作用、能量代謝與精子細胞游動力的影響，並進一步結合許多臨床，如神經內科、新陳代謝科、泌尿科、心臟內科或神經肌肉病變等相關疾病進行整合研究，證實粒線體功能衰退或異常與老化、不孕、退化性疾病、糖尿病皆有非常密切的關係。

過去八年，儘管校務極為繁忙，但魏耀揮經常晚上九點、十點離開馬偕醫學院後不是回家，而是轉到他在陽明大學的研究實驗室，帶領研究生不懈地進行各種粒線體的相關臨床研究。如今，魏耀揮對粒線體科學研究的熱愛，將因為卸下校務而更加投入。

近年來，許多生物醫學不斷隨著粒線體研究而得到突破，彰化基督教醫院因此成立「粒線體醫學與自由基研究院」，並邀請魏耀輝擔任領導，希望他能帶動台灣成為國際粒線體臨床應用發展的重鎮。

魏耀揮也表示，粒線體研究已進展到代謝的再程式化(metabolic reprogramming)，在許多人體代謝異常的狀況下，基因表達常有許多異常的調控方式，因此粒線體的研究越深入，對疾病瞭解的面向也就能更多元而深入。