真核生物版CRISPR找到了!張鋒團隊發現「Fanzor」基因編輯系統登《Nature》  

撰文記者 吳培安
日期2023-06-29
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(圖片來源:網路)

真核生物體內的CRISPR系統找到了!美國時間28日,麻省理工學院(MIT)知名生物工程學者張鋒(Feng Zhang)與其研究團隊,在《Nature》上發表最新研究。其指出不僅是原核生物有CRISPR基因編輯系統,在多種真核生物體內,也存在一套類似CRISPR的基因體編輯工具,且有機會成為精準度更勝CRISPR/Cas的基因編輯工具組。
 
研究團隊指出,這是首次在真核生物體內發現的RNA導引可編程系統(programmable RNA-guided system)。該系統中扮演核心角色的蛋白質稱為「Fanzor」,能夠以RNA作為導引、準確地靶向DNA,且經過重編程改良後,能夠對人類細胞內的基因體進行編輯。
 
研究團隊認為,相較於CRISPR/Cas基因編輯系統,Fanzor系統能夠更容易地遞送到細胞中,若能透過後續進一步的調整、改善靶向效率,將是一種非常有價值的人類基因體編輯技術。
 
CRISPR/Cas9最早是在原核生物發現,發現者艾曼紐‧夏彭提耶(Emmanuelle Charpentier)和珍妮佛‧道納(Jennifer Douna)也因這項成就,在2020年獲頒諾貝爾化學獎,由其衍生出來的基因編輯研究,也快速跨入療法開發,甚至已經進入臨床試驗。於此同時,也有許多研究團隊投入尋找更好的CRISPR Cas蛋白,或其他種類的基因編輯工具。
 
同樣致力於CRISPR相關技術開發的張鋒,也長期投入在真核生物體內尋找與CRISPR類似的基因編輯系統。在此研究中,他們不僅找到了新的基因編輯工具,也證明了以RNA導引的DNA切割機制,廣泛地存在於所有生物體內。
 
張鋒表示,CRISPR系統之所以被視為廣泛且有力的基因編輯工具,是因為它們能夠靶向基因體的不同位點,輕易地進行重編程。而這項Fanzor系統提供了另一種能在人類細胞中執行精準修改的途徑,與現有的基因編輯工具互補。
 

 從OMEGA到Fanzor 基因編輯工具一路演化 

 
張鋒的研究研究團隊,從數年前就開始尋找自然界中CRISPR以外的RNA可編程工具,希望找到更多能夠靶向特定基因或細胞程序、調節人類細胞的工具,進而將其開發成遺傳學藥物。
 
2年前,張鋒研究團隊就已經在原核生物中,發現一類RNA可編程工具,並將其命名為「OMEGA」,這套系統和細菌基因體中的轉座子(transposable elements)相關,且可能是CRISPR/Cas系統的前身。研究團隊表示,他們發現Fanzor蛋白和OMEGA系統也有一定的相似性,顯示Fanzor蛋白可能也會利用RNA導引機制,來靶向、切割DNA。
 
在這項新研究中,研究團隊接續先前的研究成果,從真菌、藻類、阿米巴原蟲以及一種貝類中,分離出Fanzor蛋白,並透過生化定性(biochemical characterization),證明它們屬於DNA核酸內切酶,且會利用其鄰近的非編碼RNA(ωRNA),靶向基因體的特定位點。
 
在經過分析Fanzor/ωRNA複合體的分子結構後,研究團隊發現Fanzor和CRISPR Cas12蛋白在結構上具有相似性,但是Fanzor和ωRNA的催化中心面積更大,推測ωRNA也參與了催化反應。
 
經過親緣分析,研究團隊認為能夠編碼出Fanzor的基因,是在演化的過程中,從細菌水平基因轉移(horizontal gene transfer)進入真核生物。團隊表示,因為OMEGA系統比CRISPR更加原始,也是地球上最多的蛋白質之一,因此它們能夠在原核生物和真核生物之間傳遞是很合理的。
 
為了進一步探索Fanzor作為基因編輯工具的潛力,研究團隊還證明了它能在人類細胞中,針對基因體標靶位點進行插入(insertion)和刪除(deletion)。他們還發現,Fanzor在剪切DNA的效率上,原本遜於CRISPR/Cas系統,但透過合成生物學工程改良,能將其剪切活性提升10倍。
 
除此之外,研究團隊還找到一種衍生自真菌的Fanzor蛋白,不具有附帶切割活性(collateral activity)。團隊認為,由於有些CRISPR/Cas系統和OMEGA蛋白,可能會在剪切目標DNA時,也會將其鄰近的DNA或RNA加以降解,因此Fanzor可能成為比CRISPR更有效的基因編輯工具。
 
張鋒也認為,生物界中可能有更多像OMEGA、Fanzor這樣的系統存在,他們也將繼續進行相關研究,希望找出更多的基因編輯工具。
 
參考資料:
https://news.mit.edu/2023/fanzor-system-in-animals-can-edit-human-genome-0628
原始研究:
https://www.nature.com/articles/s41586-023-06356-2
 
(編譯 / 吳培安)