英國基因體學、微生物體學公私合作 開發呼吸道疾病多元檢測  

日期2023-01-16
(圖片來源:網路)

近(10)日,英國維康桑格研究所(Wellcome Sanger Institute)宣布啟動「呼吸道疾病及微生物體倡議計畫」(Respiratory Virus and Microbiome Initiative),將延續在新冠肺炎(COVID-19)期間在SARS-CoV-2的基因體研究工作,擴及到其他呼吸道病原體,利用宏基因體學(metagenomics)技術,開發出單憑一份檢體,就能檢測出多種病毒的多元檢測方案。
 
維康桑格研究所將和英國衛生安全署(UK Health Security Agency)、英國非營利組織「健康數據研究」(Health Data Research UK)、英國COVID-19基因體學協會(COVID-19 Genomics UK Consortium)及劍橋大學合作,並獲得維康基金會的生醫研究資金挹注。
 
在新冠肺炎期間,維康桑格研究所就利用基因體研究,藉由全英國患者採得的樣本,追蹤數百萬個突變、監測病毒變異株的消長。維康傳染病主任Gordon Dougan表示,基因體定序提供了絕佳的機會,從全球尺度追蹤病毒,並讓科學家和政策制定者掌握它們在哪裡、如何傳播,為醫療保健及研究系統的準備工作提供重要訊息。
 
這項計畫預計分析基因體的呼吸道病原體,包括流感病毒、呼吸道融合病毒(RSV),以及其他從大規模患者樣本採集的病原體,同時,也讓維康桑格研究所得以監測新興病原體。
 
此外,研究團隊也對病毒和其他微生物的共感染(coinfection)特別感興趣。這種現象在嚴重呼吸道疾病也屬常見,例如印度的醫院在Delta變異株流行期間,就出現大量新冠肺炎與致命的毛黴菌感染(mucormycosis)的雙重感染。
 
為了在單一樣本中追蹤多種微生物,研究團隊將會利用一種稱作總體基因體學定序 (whole metagenome shotgun sequencing)的技術。它有別於常見的定序工具、一次只會定序一個基因體,這種技術能夠一次分析一份樣本中所有病原體的基因體,並將其與對照基因體做比較,以進行鑑定工作。
 
目前這項技術預計的開發時程尚未公布,不過這項計畫的負責人Ewan Harrison向《衛報》透露應該會在秋季完成。根據官方訊息,第一個版本將會以單一拭子樣本結合新冠肺炎、流感、RSV和其他常見呼吸道病毒為目標,計畫團隊正在使用檢測後拭子的殘餘材料打造這項技術,而結果將會對英國的呼吸道病毒的動態(Dynamics)掌握,以及公開可取得的病毒基因體數據庫有所貢獻。
 
參考資料:
https://www.fiercebiotech.com/research/many-viruses-one-sample-sanger-institute-launches-project-sequence-respiratory-viruses
 
(編譯 / 吳培安)